天然色素种类繁多，颜色自然，是大众化的安全食用色素。但对光、热、酸碱不稳定，易褪色。加入环糊精后，其储存稳定性显著提高。
　　比如姜黄素，由于其着色能力强，安全无毒，是有价值的天然色素之一。但其分子中含有酚羟基和羰基，对光和热不稳定，遇酸易沉淀，从而阻碍其发挥作用。
　　它被广泛应用于食品中。姜黄素环糊精包合物制成后，其热稳定性明显提高，贮存时间延长，水溶性也大大提高。
　　另一个典型的例子是环糊精在虾青素保护中的应用。虾青素具有很大的应用潜力，但由于其水溶性差，在酸、氧、高温、光照条件下不稳定，容易被氧化降解。因此，其应用受到很大限制。虾青素与-环糊精的包合物不仅能提高其水溶性，还能大大提高其稳定性。比如羟丙基-环糊精(HP-CD)包埋虾青素，可以赋予其更好的水溶性和稳定性，扩大其应用范围。
　　此外，另一种重要的类胡萝卜素，番茄红素，可以嵌入环糊精以增加其稳定性。